Une période difficile

Les victoires de Saladin et de son armée sur les armées croisées qui se sont succédées pendant l'été 1187, ont permis au souverain ayyoubide d'entrer triomphant à Jérusalem le 2 octobre de cette même année. La reconquête de Jérusalem en 1229 par Frédéric II n'a duré seulement qu'une dizaine d'années au cours desquelles on pouvait de nouveau officier à l'intérieur du Saint Sépulcre. L'accès au sanctuaire devint de plus en plus difficile, surtout pour les pèlerins qui par leur pèlerinage se trouvait contraint à payer d'importantes sommes à la caisse du Sultan et qui souvent même voyait leur vie menacée.

En 1244, les Cosasmes, population d'origine iranienne qui venaient de l'actuelle Ouzbékistan, ont saccagé Jérusalem qui avait été livrée à Frédéric II par le sultan ayyoubide al-Malik al-Kamil par un accord du nom de Sixième Croisade. L'assaut et le pillage de Jérusalem ont provoqué la mort et l'expulsion des chrétiens et la basilique fut de nouveau endommagée et les tombeaux des rois détruits. Face aux protestations que la nouvelle de cette profanation avait produite au monde chrétien, le Sultan Ayub en 1246 se hâta de s'excuser auprès de Pape Innocent IV, arguant que la dévastation avait eu lieu à son insu par l'œuvre d'irresponsables, mais que maintenant, les dommages étant réparés, il avait confié les clés à deux familles musulmanes pour qu'elles ouvrent la basilique à l'arrivée des chrétiens. Ces gardiens des clés du Saint Sépulcre ouvraient l'église seulement certains jour et pas avant d'avoir reçu une compensation adéquate.

De 1291 à 1517 la ville est aux mains des Mamelouks. En vertu de leur droits de conquêtes, les musulmans se considéraient comme propriétaires légaux du Saint Sépulcre et la présence des communautés chrétiennes était vue comme une concession et un privilège révocable selon l'intérêt politique dominant et les impôts payés. L'intérieur du Saint Sépulcre fut assigné à chaque communauté. Les autels ou les chapelles avec les habitations mitoyennes à l'intérieur furent séparés ainsi que chaque espace possible dans les galeries, les couloirs, ou entre les mêmes colonnes.

Au XIVe siècle, les pèlerins furent nombreux, surtout venus de l'est; Nestoriens de la Mésopotamie, Monophysites d'Égypte, de l'Arménie, de l'Ethiopie et de la Syrie, Grecs de l'Empire byzantin et de la Géorgie. Arrivés à Jérusalem, ils étaient accueillis par leurs compagnons moines et prêtres, qui étaient installés dans des maisons humbles dans la cour ou dans le voisinage de la basilique. Seuls les Géorgiens, suite à un accord de leur reine Tamara avec les Sultans égyptiens, étaient exemptés de taxes et étaient autorisés à vivre à l'intérieur, recevant des offrandes et de la nourriture par les trous de la porte du sanctuaire. Tous les autres pèlerins devaient payer une grosse somme, s'élevant à environ 80 francs or.

Les pèlerins affluaient aussi de l'Ouest, et les dominicains Burcardo du Mont Sion en 1283 et Ricoldo du Mont de la Croix en 1294 ont raconté avoir été bien accueillis par les religieux orientaux et avoir visité librement «tous les lieux pieux et avoir célébré et prêché aux pèlerins compatriotes ».

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